C'est aux Charmettes que Jean-Jacques Rousseau dit avoir découvert la botanique et son amour de la nature. Les lieux (le jardin contigu au musée, le verger et les vignes) ont été réaménagés dans l'esprit du 18ème siècle.
Plus de 80 espèces de plantes médicinales, condimentaires ou potagères connues ou oubliées ont été plantées dans le jardin à la française, des variétés anciennes de poiriers, de pommiers, de cerisiers réintroduites dans le verger en contrebas et 100 m² de vigne ancienne savoyarde reconstitués sur le coteau au-dessus de la maison.
